Chapelet franciscain à dix perles béni par le pape St.Francis Relic Sol Tau

La dépouille de saint François fut solennellement transportée dans la nouvelle église le 25 mai 1230. Le pape Innocent IV consacra la basilique le 25 mai 1253. Le pape Benoît XIV déclara l'église basilique patriarcale et chapelle papale le 25 mars 1754 avec la Constitution "Fidelis Dominos". Pie VII, le 12 septembre 1818, autorisa le ministre général des frères mineurs conventuels à procéder aux fouilles sous le maître-autel de la basilique inférieure afin de retrouver le tombeau de saint François, qui avait été caché par le frère Elias puis par le pape Eugène IV en 1476.

Le tombeau a été mis au jour le 8 décembre 1818 et le 12 décembre, les restes de saint François ont été exhumés. Afin de faciliter les visites du nombre croissant de pèlerins au tombeau, une nouvelle crypte néo-romane a été ouverte sous la basilique inférieure. Le 18 juin 1939, le pape Pie XII déclara saint François patron de l'Italie. Une lampe votive à l'huile offerte par les différentes régions de la péninsule italienne brûle sur la tombe. Le 18 janvier 1978, le pape Paul VI autorisa le ministre général des frères mineurs conventuels à procéder à la réouverture du tombeau et à l'étude scientifique des restes de saint François. Cela a eu lieu entre le 24 janvier et le 4 mars 197